Modules généraux

Détection des espèces

-m enterobacterales__species

Ce module tentera d’identifier l’espèce de chaque assemblage d’entrée. Il le fait en comparant l’assemblage à l’aide de Mash à un ensemble de Klebsiella et d’autres Enterobacteriaceae de NCBI, et en déclarant l’espèce de la correspondance la plus proche.

Paramètres

--enterobacterales__species_strong

Seuil de distance de Mash pour une correspondance d’espèces fortes (par défaut : 0,02)

--enterobactéries_species_faible

Seuil de distance de Mash pour une correspondance d’espèce faible (par défaut : 0,04)

Sorties

La sortie du module de détection des espèces consiste en les colonnes suivantes :

species	Nom de l’espèce (nom scientifique)
species_match	La confiance en l’espèce, indiquée comme strong(distance Mash ≤ 0,02) ou weak(Distance Mash >0,02 et ≤0,04, peut être une espèce nouvelle ou hybride)

La qualité et l’exhaustivité des résultats de Kleborate dépendent de la qualité des assemblages génomiques d’entrée. En général, vous pouvez vous attendre à de bons résultats avec des génomes assemblés avec des outils comme SPAdes de haute profondeur (>50x). Cependant, il est toujours possible que les gènes clés soumis au génotypage puissent être interrompus entre 2 contigs, ce qui peut créer des problèmes pour les détecter et les typer avec précision.

Statistiques des contigs

-m general__contig_stats

Ce module prend enterobacterales_species comme un préalable et génère des statistiques de base pour aider les utilisateurs à comprendre leurs résultats de typage dans le contexte de la qualité de l`assemblage, bien que nous recommandons aux utilisateurs d`effectuer eux-mêmes un QC plus complet avant de génotyper des génomes (par exemple, un criblage de contamination, etc.).

Le module retourne un ensemble standard de paramètres de qualité d’assemblage (voir les sorties ci-dessous).

Il indiquera également dans la colonne QC_warningssi une taille d’assemblage tombe en dehors de celles spécifiées dans species_specification.txtdans le répertoire du module, ou si N50 <10 kbp ou si des bases ambiguës (Ns) sont détectées dans la séquence.

Sorties

La sortie du module de statistiques des contigs consiste en les colonnes suivantes :

contig_count	Nombre de contigs dans l’assemblage d’entrée
N50	N50 calculé à partir des tailles de contig
largest_contig	Taille du plus grand contig (en bp)
total_size	Taille totale de l’assemblage (en bp)
ambiguous_bases	Détection de bases ambiguës (yes or no). Si oui, le nombre de bases ambiguës est également indiqué entre parenthèses.
QC_warnings	Liste des problèmes de QC détectés, y compris : ambiguous_bases(bases ambiguës détectées) N50(N50 < 10 kbp), total_size (la taille des génomes dépasse la plage prévue).